蛋白质思维：利用思维树与嵌入空间流匹配实现可解释的蛋白质 - 蛋白质相互作用发现推理

针对现有蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）预测缺乏机理解释的问题，本文提出“蛋白质思维”框架。该方法将 PPI 发现重构为可解释的搜索问题，显式分解序列相似性、结构互补性等四种生物信号。通过假设引导的熵正则化思维树（Tree-of-Thoughts）搜索策略，结合微调语言模型生成搜索指令及嵌入空间流匹配技术，高效导航候选空间并优化推理路径。实验表明，该方法在排序精度与预测性能上均显著优于现有基准。